Группа образовалась в 1988 году. Солистом группы выступила Наталья Пивоварова, которая до этого принимала участие в проекте Сергея Курёхина «Поп-механика».

Из семи первоначальных участниц к 1990 году осталось только пятеро: Наталья Пивоварова, Елена Юданова, Инна Волкова, Ольга Фещенко и Ирина Шароватова.

В 1991 году начинаются концертные выступления, тогда же был выпущен дебютный альбом Манера поведения. В его записи принимали участие члены групп «Аквариум», «Nautilus Pompilius», «Телевизор», в том числе участники «Аквариума» Михаил Файнштейн и Александр Титов, который якобы придумал название первого альбома (по другой версии — Никита Михайловский), и барабанщик «Телевизора» Алексей Рацен. Часть текстов была написана Натальей Пивоваровой, часть — Еленой Юдановой, Алексей Хвостенко дарит группе песню «Орландина». В том же году альбом был издан на виниловой пластинке фирмой FeeLee, а годом позже по ее лицензии переиздан в США. С композициями из этого альбома группа начинает гастролировать в России и Франции. Поскольку Пивоварова раньше была связана с экспериментальным театром, «Колибри» сразу сделали ставку на костюмированное шоу, в результате чего их стиль ближе всего к кабаре, когда действию и музыке уделяется одинаковое внимание. В этом же году из коллектива уходит Ольга Фещенко, которая уезжает учиться во Францию, после этого коллектив на семь лет остаётся неизменным.

В 1992 году выходит следующая работа «Колибри» — Маленькие трагедии. Её инструментальную часть обеспечили студийный музыкант и аранжировщик Юрий Соболев («Бригадный подряд», «Пангея», «Н.О.М.») и гитарист Александр Гнатюк. Все четыре вокалистки писали свои песни, причём ведущую партию в песне обычно исполняла та что её написала.

Начиная с 1994 года песни «Колибри» стали звучать на радио, группа становится широко известной. Особой популярностью пользуется песня «Жёлтый лист осенний», написанная Еленой Юдановой как пародия на российскую популярную музыку.

Наиболее успешным на сегодняшний день альбомом группы стал Найди десять отличий (1994), в записи которого участвовали Вячеслав Кошелев и ряд других участников группы «Препинаки» (Наталья Пивоварова была замужем за певцом последних Александром Лушиным), а также гитарист групп «Телевизор» и «Nautilus Pompilius» Александр Беляев, барабанщик группы «Странные игры» Игорь Черидник, клавишник группы «ДДТ» Андрей Муратов. Группа продолжает гастроли по России, Украине, Германии, Финляндии, США.

Осенью 1996 года «Колибри» пригласили для работы над своим новым альбомом Бес сахара группу «Tequilajazzz», а также клавишника «ДДТ» Константина Шумайлова. Весной 1997 года новый альбом увидел свет и «Колибри» впервые дали серию концертов с живым звуком, сопровождаемых на сцене музыкантами «Tequilajazzz».

Летом 1998 года выходит альбом ремиксов, который так и был назван — «Ремиксы», в записи принимали участие Игорь Вдовин («Ленинград»), Валерий Алаховый («Новые композиторы»), а также группы «Deadушки» и «AlexAndroid».

В декабре 1998 года Наталья Пивоварова покинула группу ради собственных проектов. В 1999—2000 годах группа гастролирует по Швеции и Финляндии.

К 2001 году в состав группы входят Елена Юданова (вокал), Инна Волкова (вокал), Ирина Шароватова (вокал), Андрей Градович (гитара), Олег Эмиров (клавишные). «Колибри» при участии музыкантов «Волковтрио» Владимира Волкова и Святослава Курашова, а также известного музыканта, аранжировщика и звукорежиссёра Влада Жукова записывает материал, который выпущен фирмой Триарий на средства самой группы под названием Троi.

В 2002 году при участии Сергея Русанова (экс-«Улицы» и «Телевизор») и барабанщика Игоря Мосина («Бондзинский») выходит альбом «Любовь и ее конечности».

В 2002 году для альбомов каверов Дюши Романова записала культовую «Крюкообразность». Для саундтрека к «Азазелю» замечательного «Титулярного советника» Даргомыжского. В 2003 года была записана кавер-версия песни «Аквариума» «10 стрел» для юбилейного сборника.

Пятнадцатилетие группы было отмечено большими концертами совместно с Натальей Пивоваровой в «Б-2» (Москва) и Театре Эстрады (Санкт-Петербург). С юбилеем музыкантов поздравили Андрей Макаревич, Сергей Шнуров, Александр Скляр и Андрей Якушин. В 2003 году из группы уходят Андрей Градович и Олег Эмиров.

В ноябре 2009 года состоялся интернет-релиз альбома Железные звёзды. В записи приняли участие музыканты группы Soundscript33, которые сопровождают группу на концертных выступлениях.